為進一步加強藥品經營質量管理，保障藥品安全，2016年7月，國家食品藥品監督管理總局局務會議審議通過《關于修改<藥品經營質量管理規范>的決定》，自公布之日起施行�！端幤方洜I質量管理規范》經修改后全文重新公布。
本次修改主要涉及三個方面的內容：一是根據國務院辦公廳《關于加快推進重要產品追溯體系建設的意見》（國辦發〔2015〕95號），對藥品流通環節中藥品經營企業如何執行藥品追溯制度提出了操作性要求。二是根據《國務院關于修改〈疫苗流通和預防接種管理條例〉的決定》（國務院令第668號）,將《藥品經營質量管理規范》中關于疫苗經營企業的相關規定修改為疫苗配送企業的要求。三是根據《國務院辦公廳關于加快推進“三證合一”登記制度改革的意見》（國辦發〔2015〕50號），將首營企業需要查驗的證件合并規定為“營業執照、稅務登記、組織機構代碼的證件復印件”。