每種藥物都有一定的化學成分及其一定的分子結構，具有一定的理化性質，作用于人體之后，會對機體的組織結構和功能產生影響。如果藥物的影響與致病因素所引起的影響針鋒相對，就可以減弱或消除致病因素的影響，使疾病向好的方面轉化，產生療效。
藥物在人體內發揮治療作用的途徑和機制是繁多而復雜的，如補充體內需要而缺乏的物質，改變體內物質新陳代謝的過程及其速度，增加或減少體內某種物質的產生或排泄，增強或抑制某種器官、組織或細胞的功能，驅除或消滅致病生物，對抗炎癥、組織的變性或壞死，增加或減少某種細胞，調節機體的免疫狀態等。
有的藥物具有一種作用，有的藥物則具有幾種作用，還有幾種或許多藥物共同具有某一種作用。如果藥物對機體的影響與致病因素引起的影響相一致，則可加重疾病。若藥物作用對身體的影響與原有疾病不相關，則藥物的作用會成為新的致病因素而引起機體新的疾病。
當我們運用某種藥物治療疾病時，可能只用一種或幾種作用，而其他作用所產生的影響就與疾病無關，從而引起不利的影響。如當胃腸痙攣而出現劇烈絞痛時，用阿托品可有解痙作用而取得良好的止痛效果，但是阿托品又可引起心跳加快，而出現心慌、顏面潮紅，使唾液分泌減少而口干舌燥，還會使膀胱平滑肌收縮無力而排尿困難;如果用量過多，也可引起腸蠕動過慢而出現便秘，甚至不完全性腸梗阻。如此等等，治療疾病的目的只有一個，而引發出來的麻煩卻是一大堆。這真是為捉一只耗子而搬動了滿屋子的家具，為摘一個桃子卻牽得整棵樹搖晃。
世界上的事情就是這般復雜而多變，這大概就是“一切事情都是一分為二的”這條真理在起作用吧。用藥治病，既能獲得療效，也將承受藥物引起的不良后果。這就是藥物的兩重性，世界上只有療效而無任何副作用的藥物是難得找見的。藥物的治療作用和副作用是事物對立統一的兩個方面，是不可分割的孿生兄弟，不可能單獨存在，而在很多情況下是副作用比治療作用還多，影響面還大。